板蓝根与南板蓝根的主要区别是成分是不一样的，南板蓝根里面不含有芥子苷，北板蓝根里面有一定量的芥子苷。但是这两种药物的药性以及功效基本上是相同的，能够起到一定清热解毒作用，同时还具有凉血和利益健康，对于治疗上火引起的咽喉肿胀疼痛以及口干舌燥，治疗效果是比较好的。