有可能会引起菌群失衡，还有可能会不利于霉菌性阴道炎的恢复。甲硝唑对于治疗厌氧菌感染导致的疾病可以起到改善作用，比如滴虫性阴道炎，同时还有助于缓解细菌性阴道炎，但是对于治疗霉菌感染的疾病没有明显作用。因此当出现霉菌性阴道炎疾病时，可以在医生的指导下服用抑制霉菌的药物治疗。