患者在服用了甲巯咪唑以后可能会出现皮疹以及白细胞减少之类的不良反应，也有的患者可能会发生再生障碍性贫血。一些消化道反应也是服用此种药物以后常见的不良反应，比如患者可能会出现恶心，呕吐等现象。除此以外，关节疼痛以及头晕、头痛等现象也是服用了此种药物以后的常见不良反应。