甲硝唑主要用来治疗厌氧菌所引起的系统感染，如腹腔的感染，下呼吸道感染，女性的生殖系统感染，消化道的感染等，还可以用来预防厌氧菌所引起的皮肤及软组织的感染，骨头关节部位的感染等。奥硝唑主要用来治疗普通杆菌，多型杆菌，真杆菌，幽门螺杆菌，消化球菌等敏感性的厌氧菌所引起的感染。