百多邦软膏的副作用有局部的刺痛感、瘙痒以及灼烧感。这种药的副作用一般都不太高，多数人不会出现副作用，只有小部分人才有不良反应。出现不良反应可以停止使用，更换其它药效相同的外用药物，哺乳期和怀孕的人群应慎用， 儿童使用时应在成人的看护下进行，避免涂抹到眼部，对眼睛造成刺激。