自费疫苗和免费疫苗的区别，主要就是所预防的疾病种类不同、相关疾病的危害性不同。自费的疫苗是家长可以自行选择接种的疫苗，即使是不接种，可能带来的危害也不是很大。免费的疫苗，则是按照国家的预防接种要求必须要接种的疫苗，如果不接种，可能会带来的危害比较大。