您好，首先这两种药都是中成药，都可用于上呼吸道感染导致的发热、咽痛、鼻塞、流涕等症状，但这两个药的成分有所不同，连花清瘟的主要成分是金银花和连翘，双黄连的主要成分是黄芪和金银花，二者效果在临床上差别不大，可酌情选择一种即可，但是要注意二者皆可能对肝肾功能造成损害，因此小孩、有肝肾功能基础疾病的患者应慎用。