两种药材的主要区别是中药材的种类有所不同，治疗的范围也有所区别。桂附理中丸比附子理中丸多一样药材，也就是桂枝，对于机体温热壮阳的作用更加强大。附子理中丸主要是调理脾气虚弱，能够增加胃蠕动，可以增加机体的抗寒能力。而桂附理中丸主要是温肾助阳，用于治疗肾阳虚弱，呕吐泄泻等症状。