黄连上清丸的副作用是有可能会使患者出现过敏的情况。黄连上清丸主要是用来清热解毒的，对于头晕、头痛以及牙齿疼痛有比较好的治疗效果，由于药物中含有的成分比较多，患者在服用后有可能会出现皮肤瘙痒以及疼痛红肿的现象，极少数患者在服用后会出现便秘的情况，所以在病情得到控制时，可以遵医嘱逐渐停止服药。