大剂量服用多西环素可引起肝脏损害，通常为肝脂肪变性。原有肝功能不全者、妊娠后期妇女更易发生。厌食、恶心、呕吐、腹泻、舌炎、吞咽困难、小肠结肠炎以及肛门和生殖器的炎性损伤（念珠菌过度生长）。口服或注射给药的四环素类药物都会导致该类反应的发生。长期用药可使人体内正常菌群减少，导致维生素缺乏、真菌繁殖、出现口干、咽痛、口角炎、舌炎、舌苔色暗或变色等症状。