杞菊地黄丸和明目地黄丸都是治疗肝肾不足引起的眼科疾病。菊地黄丸主要是补肾益肝，主要治疗由于阴虚而导致的眼睛干涩、流泪、事物不清等。明目地黄丸主要的功效是滋阴明目，还可以补肝肾，益精血，它主要是治疗肝肾精血不足导致的眼睛干涩、视物不清、耳鸣耳聋等症状。以上便是它们的区别。