阿奇霉素的不良反应主要是耳和迷路异常，部分患者服用阿奇霉素后曾出现听力损害，包括听力丧失、耳鸣和耳聋。跟据调查研究表明，这种现象与患者持续大剂量使用阿奇霉素有关，通过对患者随访，发现大多数的患者的听力都可以恢复。另外，阿奇霉素还可以引起胃肠道异常，比如恶心，呕吐，腹泻，稀便，腹部不适，胃肠胀气等。