副作用一般不是特别的大，但是有个别人在服用后有可能会出现腹泻的现象，蜡样芽孢杆菌活菌胶囊通常对于慢性肠炎以及婴幼儿拉肚子可以起到治疗的效果，而且还可用于治疗肠功能紊乱，但也需要在专科医生的指导下用药。在用药治疗期间，还要避免吃一些油腻和刺激性的食物，另外也要保证三餐定时定量。