阴道超声检查的危害在不同的患者之间并不相同。理论上来说，做阴道超声检查不存在明显的危害。只是在实际操作的过程中，可能因为一些不恰当的操作方式而导致患者容易患生殖系统感染性疾病；怀孕早期的孕妇做阴道超声检查时如果操作不当，有可能引起出血。不过，只要在正规的医院进行检查，一般都不存在这些现象。