功能性肠病久治不愈很可能和平时不良的饮食习惯有关系，也可能是没有使用的特效药物。功能性肠病需要及时在医生指导下服用消炎和抗感染药物，而且要加入一些保护肠胃黏膜的药品，生活中选择吃一些温热半流质食物，比如小米粥、燕麦粉等，同时结合进行治疗，才可以使疾病逐渐好转。