六君子汤的主要功效是补脾益气、燥湿化痰。临床上主要用来治疗由脾虚引起的腹胀、便溏、不思饮食、面黄肌瘦、恶心、呕吐、消化不良以及肥胖，对于由脾虚导致的痰湿积聚，总是感觉咽喉部存在痰液的患者，也有较好的疗效。西医方面，对于慢性的胃炎、胃、十二指肠溃疡等消化道相关疾病也有较好的疗效。