耐药菌感染后的预后存在个体差异。如果只是感染了对部分抗菌药物有耐药现象的耐药菌，那么只要通过药敏试验，找出相对比较敏感的药物来进行治疗，应该也是可以治好的。如果患者所感染的耐药菌，对绝大多数的抗菌药物都存在明显的耐药性，多次药敏检查都查不出敏感的药物，就会影响预后。