同位素治疗副作用主要是会对身体造成一定的辐射，还会增加患有甲减发病的几率，甲状腺的体积会逐渐的缩小，导致身体的机能出现低下的情况，造成患者有可能终生需要服用甲状腺素。同位素是一种放射性的治疗，可以治疗先天性的血管疾病和癌症，但是妊娠期妇女要避免做这种治疗。