三个月的宝宝在睡觉时总是出现摇脑袋的现象可能是头部患有皮肤疾病导致的，因为头部瘙痒宝宝就容易摇头。但是也不能够排除是身体缺钙，建议去医院进行相关的检查。这段时间要注意宝宝头部的卫生，及时清理宝宝的被褥和枕头。如果检查结果表示缺钙，还需要及时补充，而且在宝宝睡觉时建议要保持环境的安静。