丙硫氧嘧啶治疗甲亢的不良反应，主要会表现出肝细胞的损害，肝功能的异常以及胆红素升高，肝炎，白细胞减少。也会导致患者出现关节痛，眩晕，甚至会累及患者全身的各个器官，比如肺脏，以及肾脏，患者也会出现蛋白尿，血尿，咳嗽以及肺部有阴影的症状，大部分在用药的前三个月，通过化验检查就能够发现这类不良的反应。