孕16周甲减治疗一般不算晚。如果不及时治疗甲减，可能会引起胎儿大脑发育，从而引起胎儿脑瘫的现象，要及时去医院做甲状腺彩超和甲状腺功能检查，根据检查结果在医生指导下服用激素类的药物进行治疗。在治疗期间，要定期去复查，以免影响胎儿正常生长发育。