甲巯咪唑治疗甲亢副作用是白细胞减少，中性粒细胞减少，肝功能损害，所以服用药物期间需要定期做个检查，要做个甲状腺功能检查，血常规检查，肝功能检查。如果是副作用比较明显，就需要停药，加上提升白细胞药物和护肝药物治疗。如果是长期不能服用甲巯咪唑片了，那就建议改用碘131治疗合适。