怀孕三个月查出甲减对孩子发育一般会有影响。女性怀孕期间机体免疫力降低会容易出现各种疾病，出现甲减一般需及时到医院就诊，在医生指导下口服治疗甲状腺药物。治疗期间要保持良好的心态，避免情绪波动较大、精神过度紧张，以清淡、易消化食物为主，做到饮食均衡，提高机体免疫力。