常染色体和异染色体的区别在于，常染色体是 DNA开放情况下的染色体，通常会表现为染色体松散，能够结合各种蛋白。而E染色体是指DNA闭合，并且染色体屈曲折叠之后的形态，通常在这种情况下，不能够完全的转录等相关功能，所以常染色体，是一种松弛的有功能染色体状态，而异染色体是折叠没有功能的染色体状态。