按三阴穴疼痛，通常是有体内气血运行不畅或者经络瘀阻导致的疼痛，也可能是在按摩时用力过度引起的疼痛。长期按摩三阴穴可以起到缓解神经衰弱，预防妇科疾病的发生，三阴穴处于肝经、脾经、肾经交汇处，一般可以继续按摩三阴穴来达到活血化瘀通经络的效果，在经络疏通后，一般不会再出现疼痛的情况，中医有通则不痛，痛则不通的说法。