新生儿肠梗阻，一般都是新生儿的肠道先天发育异常引起的。常见的新生儿肠道发育畸形，包括了先天性巨结肠、先天性肠管闭塞，先天性肠管狭窄，先天性肛门闭塞等。另外，新生儿还有可能因为胎粪性腹膜炎的后遗症而引起肠梗阻；有可能因为先天性肠旋转不良而导致肠梗阻。具体的疾病，必须经过检查才能明确。