益生菌是不建议长期应用的，因为出现不同的疾病，使用的益生菌种类也是不一样的，使用药物的时间长短也会有所不同。只要是药物就会存在一定的副作用，如果长时间应用益生菌可能会导致肠道内的菌群失调，会导致人体脏器负荷过重。而且长时间应用，还会产生过度的依赖。