新生儿在出生后打了5天抗生素，一般是没有什么副作用的情况发生。由于宝宝刚出生年龄较小，如果是存在有肺炎的情况，及时给予抗生素进行治疗，否则如果是延误病情，很容易会引起败血症，严重者不利于宝宝的正常生长发育的。因此为了宝宝能够减少产后意外情况的发生，需要在医生的指导下及时的给予药物、加强护理等对症处理。