宝宝的心门闭合了、但是头部有凹陷，可能是由于宝宝的头颅在发育的过程中，曾经受到过外力作用，从而引起了局部的凹陷性骨折，愈合以后就形成了这种状态。这种情况一般都是轻微的凹陷，通常都不会影响脑组织发育，不引起明显的症状。为了进一步确诊，也可以到医院去做头颅CT检查。