益生菌在使用方面相对于来说会比较安全一些。但是仍然会有一些副作用存在。有些人群在服用益生菌之后可能会出现便秘的现象，也有人在服用益生菌之后出现腹痛、腹泻表现。也有部分人可能会出现长时间皮疹症状。这些都属于益生菌的副作用，所以应用药物一定要谨遵医嘱。