婴儿耳朵上有小孔可能是因为有耳前瘘管的疾病。这应该属于先天性疾病的一种，在出生的时候可能就带有的一种现象。这种现象是婴儿在胚胎的时候没有发育好所造成的，一般情况下如果没有发炎，是不需要特殊处理的，一旦出现了红肿以及疼痛感时，则才需要进行治疗。