新生儿巨结肠不一定都要手术，轻症的患者一般以保守治疗为主。但是，如果病情比较严重，医生确定需要进行手术治疗时，就要尽快进行手术，没有什么最佳时间。不过，在孩子一岁以内进行手术治疗时，一般都是做造瘘手术治疗，进行彻底的根治手术时间一般是在孩子一岁以后。