环磷酰胺的副作用主要包括了胃肠道刺激作用，骨髓抑制作用，泌尿系统的反应，生殖系统的影响。胃肠道刺激症状，主要就表现为食欲不好，恶心、呕吐。骨髓移植后的反应，主要是白细胞和血小板的减少。泌尿系统的反应，则主要是可能会引发出血性膀胱炎。另外还有可能引起脱发，女性月经紊乱，男性无精症或死精症。