益生菌的主要作用原理为以优势菌种来抑制肠道内其他菌种的生长，包括致病性菌，改善肠道功能，促进维生素B1的合成，促进胆红素的分解等，而这种菌本身是无致病性的。但是如果过多有可能会形成新的菌群失调，一方面其他有些被抑制的菌种也是有功能的，另一方面过多的益生菌（包括酵母菌和乳酸菌）等也会改变肠道环境，刺激肠道引发腹泻症状。