克罗恩病与环境因素，遗传因素，免疫因素和饮食等因素有关系，也比较严重。也有的认为与感染和肠道菌群失调有关。目前认为是一种原因不明的肠道疾病。现代医学研究肠道菌群失调是引起的主要原因。所以认为是一种免疫耐受缺失的疾病，比较严重会呈进展性发展，会造成口腔炎症，还有的会造成皮肤损害和肝胆疾病。