宝宝吃益生菌的最佳时间是饭后。饭后，食物可以中和胃酸，使益生菌调理肠道的作用更有效，所以最好在饭后吃益生菌。益生菌具有调节肠道菌群平衡的作用，可以用于辅助治疗腹泻、上火、消化不良等症状。不要长期服用益生菌，以免引起肠道菌群失调，引发疾病。可以在医生的指导下，服用益生菌。